Hoàng Quốc Khánh sinh ngày 30 tháng 9 năm 1974 tại thị trấn Hát Lót, huyện Mai Sơn, tỉnh Sơn La, quê quán ở xã Khâm Thành, huyện Trùng Khánh, tỉnh Cao Bằng. Ông lớn lên và tốt nghiệp phổ thông ở Mai Sơn, theo học đại học ở Hà Nội và tốt nghiệp Cử nhân Luật Kinh tế. Ông được kết nạp Đảng Cộng sản Việt Nam vào ngày 30 tháng 3 năm 2006, trở thành đảng viên chính thức sau đó 1 năm, từng theo học các khóa chính trị ở Học viện Chính trị Quốc gia Hồ Chí Minh và tốt nghiệp Cao cấp lý luận chính trị. Hiện ông thường trú ở phường Đoàn Kết, thành phố Lai Châu, tỉnh Lai Châu.[1]